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１年の最終特別試験と月城の企みをかわし、無事高度育成高校の２年生へと進級した綾小路。短い春休みの後に行われる入学式。４月のその時を迎え、新１年生がついに姿を現した。２年生にも負けず劣らず、学校に新たな波乱を呼びそうな個性的な面々の新１年生達。そして――この中に、ホワイトルームの刺客がいる。２年クラス同士の試験対決、Ａクラスを目指すための布石、 執拗な月城とその刺客の襲撃をかわし一撃を与えること、そして自らの人間関係。一筋縄ではいかない高度育成高校での２年目の日々がついに始まる――。

希望する進学、就職先にほぼ100%応えるという全国屈指の名門校・高度育成高等学校に進学することになった綾小路清隆。バラ色の学園生活…のはずがクラスメイトは曲者ばかりで……。TVアニメ大好評放送中の話題作、コミカライズ作！

TVアニメ７月より放送開始の大人気MF文庫J作『ようこそ実力至上主義の教室へ』。主人公・綾小路清隆とクラスメイト・堀北鈴音に焦点を当てたIfストーリーを、第16回MFコミック大賞アライブ賞受賞作家がお届け。このルートに待ち受けるのはハッピーエンド、それとも……。