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魔法。それが現実の技術となってから一世紀弱。魔法を保持・行使する「魔法師」育成機関「魔法科高校」に今春、とある少女が入学する。容姿端麗で完全無欠な優等生――彼女の名は、司波深雪。共に入学した兄・達也との仲睦まじい高校生活を夢見ていた彼女の前に、一科生と二科生――優等生と劣等生との壁が立ちはだかり!?

深雪たちの一年生としての日々も後半に差し掛かった、二〇九六年一月。雫との交換留学生として魔法科高校に金髪碧眼の美少女、リーナが転入してくる。ある重大な秘密を抱えた彼女の来訪は、深雪やほのから魔法科高校の少女たちにとっても変化と波乱の日々の始まりだった！相次ぐ事件、深まる友情、そして恋!?「来訪者編」の物語を別角度から描く、少女たちの一生懸命が詰まったスピンオフコミック第２期スタート!!