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二〇九六年九月のある日、達也のもとへ届けられた一通の手紙。それは四葉家当主・真夜からのもので、テロリスト・周公瑾の捕縛について達也の協力を乞うというものだった。周公瑾は古式魔法師の組織「伝統派」の支援を受けて京都に潜伏しているというが……。

二〇九六年六月。二年生になった達也たちの間では、今年の九校戦の噂が飛び交っていた。そんな折、魔法科第一高校に届いた九校戦の今年の開催要項――そこには競技種目の大幅な入れ替えが記されており、着々と準備を進めていた（はずだった）生徒会は大混乱！　達也たちも準備に奔走することになる。一方、裏の世界では十師族の一つ・九島家が九校戦を利用した不穏な企みを進めていた……。

二〇九七年三月。司波達也は深雪と水波を伴って沖縄を訪れる。 四葉家として式典に出席する――というのは表向きで、真の目的は独立魔装大隊としてあるテロリストを捕縛することだった。 しかし、沖縄にはあずさや服部ら先輩たちも卒業旅行に訪れていたうえ、ほのかと雫もバカンスを過ごしていた。 さらに、達也の協力者として現れたのは横浜事変で因のある大亜連合の面々で……。 南国を舞台に、メンバー入り乱れての大捕物が…

魔法。それが現実の技術となってから一世紀弱。魔法を保持・行使する「魔法師」育成機関「魔法科高校」に今春、とある少女が入学する。容姿端麗で完全無欠な優等生――彼女の名は、司波深雪。共に入学した兄・達也との仲睦まじい高校生活を夢見ていた彼女の前に、一科生と二科生――優等生と劣等生との壁が立ちはだかり!?

二〇九九年春、黒羽亜夜子と文弥の双子は春から始まる魔法大学での新生活に胸躍らせていた。だが、司波達也を狙う組織の情報が入り――。

七賢人レイモンド・クラークの計略で、世界中が達也の動向に注目する事態に。だが達也はかねてより進めていたプロジェクトを用いて、世界を裏から操ろうとする者たちに反旗を翻す――!!

新年度、三矢詩奈や矢車侍郎ら新入生を迎えた魔法科高校でトラブル勃発!?　一方、達也のもとに十文字克人からの封書が届く。それは十師族の若手だけの会議を招集するというものだった。

深雪たちの一年生としての日々も後半に差し掛かった、二〇九六年一月。 雫との交換留学生として魔法科高校に金髪碧眼の美少女、リーナが転入してくる。 ある重大な秘密を抱えた彼女の来訪は、深雪やほのから魔法科高校の少女たちにとっても変化と波乱の日々の始まりだった！ 相次ぐ事件、深まる友情、そして恋!? 「来訪者編」の物語を別角度から描く、少女たちの一生懸命が詰まったスピンオフコミック第２期スタート!!

電撃文庫の人気タイトル『魔法科高校の劣等生』が４コマに！　おなじみキャラが繰り広げる騒動は、魔法以上にファンタジー!? コミックス７巻、好評発売中！